Children's Medicine of the North-West

Микробиота кишечника доношенныхи недоношенных новорожденных: рольв развитии инфекционных заболеванийи возможности коррекции (обзор литературы)

ГАСТРОЭНТЕРОЛОГИЯ И ДИЕТОЛОГИЯ

  • Денис Максимович Конюхов Детская городская больница № 17 Святителя Николая Чудотворца; Федеральный научно-клинический центр инфекционных болезней ФМБА России https://orcid.org/0009-0004-6457-1125
  • Наталья Васильевна Гончар Федеральный научно - клинический центр инфекционных болезней ФМБА России;Северо - Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова https://orcid.org/0000-0002-5938-2934
  • Константин Дмитриевич Ермоленко Федеральный научно - клинический центр инфекционных болезней ФМБА России; Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет https://orcid.org/0000-0002-1730-8576
  • Александр Николаевич Суворов Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет; Институт экспериментальной медицины https://orcid.org/0000-0003-2312-5589
Ключевые слова:
intestinal microbiota newborns preterm infants infectious diseases probiotics микробиота кишечника новорожденные недоношенные дети инфекционные заболевания пробиотики

Аннотация

Введение.Изучение микробиоты кишечника новорожденных является важным направлением современной медицины, так как ее становление влияет на иммунитет, метаболизм и здоровье детей. Особенно актуальна эта проблема для недоношенных детей, у которых замедлено развитие микробиоты, что повышает риск инфекций и хронических заболеваний. На состав и функциональное состояние микробиоты существенно влияют способ родоразрешения, антибиотикотерапия и тип вскармливания, хотя это и требует дальнейшего изучения.Цель—систематизировать современные данные о факторах, влияющих на микробиоту кишечника доношенных и недоношенных новорожденных, и методах ее коррекции.Материалы и методы.В статье проведен обзор научной литературы, включая клинические исследования и систематические обзоры. Использованы данные о методах изучения микробиоты, влиянии на микробиоту способа родоразрешения, антибиотикотерапии, грудного вскармливания и искусственных питательных смесей, лечения пребиотиками и пробиотиками.Результаты.Здоровая кишечная микробиота новорожденных играет значительную роль в профилактике инфекционных заболеваний. Нарушение микробиоты кишечника, вызванное кесаревым сечением, антибиотикотерапией и искусственным вскармливанием, сопровождается снижением колонизационной резистентности и ростом условно-патогенных бактерий (Klebsiellaspp.,Enterococcusspp.,Pseudomonasspp.), что повышает риск развития сепсиса и некротизирующего энтероколита. Применение пробиотиков и пребиотиков способствует снижению инфекционной заболеваемости за счет восстановления микробного баланса, укрепления барьерной функции кишечника, что делает коррекцию микробиоты важным направлением профилактики и терапии инфекций у новорожденных.Заключение.Формирование здоровой микробиоты у новорожденных критически важно для их долгосрочного здоровья. Современные данные подтверждают значимость естественных родов, грудного вскармливания и рационального использования антибиотиков при выхаживании недоношенных детей. Пробиотики представляют перспективное направление для коррекции нарушений микробиоты новорожденных, однако необходимы дополнительные исследования для оптимизации их применения.

Биографии авторов

Денис Максимович Конюхов, Детская городская больница № 17 Святителя Николая Чудотворца; Федеральный научно-клинический центр инфекционных болезней ФМБА России

врач-неонатолог, анестезиолог-реаниматолог, Детская городская больница № 17 Святителя Николая Чудотворца; аспирант, Федеральный научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства России.

Наталья Васильевна Гончар, Федеральный научно - клинический центр инфекционных болезней ФМБА России;Северо - Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова

Dr. Sci. (Med.), Professor, Leading Researcher, the Research Department of Intestinal Infections, Federal Scientific and Clinical Center for Infectious Diseases of the Federal Medical and Biological Agency of Russia; Professor, Department of Pediatrics and Neonatology,
North-Western State University named after I.I. Mechnikov

Константин Дмитриевич Ермоленко, Федеральный научно - клинический центр инфекционных болезней ФМБА России; Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет

д.м.н., заместитель генерального директора по научной и образовательной деятельности, заведующий научно-исследовательским отделом кишечных инфекций, Федеральный научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства России; доцент, кафедра инфекционных болезней, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет

Александр Николаевич Суворов, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет; Институт экспериментальной медицины

д.м.н., член-корреспондент РАН, профессор, руководитель отдела молекулярной микробиологии, Институт экспериментальной медицины; заведующий кафедрой фундаментальных проблем медицины и медицинских технологий, Санкт-Петербургскийгосударственный университет.

Библиографические ссылки

1. Dierikx T.H., Visser D.H., Benninga M.A. et al. The influence of prenatal and intrapartum antibiotics on intestinal microbiota colonisation in infants: A systematic review. J Infect. 2020;81(2):190–204. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.05.002.

2. Chen Y., Zhou J., Wang L. Role and Mechanism of Gut Microbiota in Human Disease. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:625913. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.625913.

3. Новикова В.П., Гурова М.М., Хавкин А.И. Кишечная микробиота как регулятор работы органов и систем человека. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2025. https://doi.org/10.33029/9704-8926-0-IMR-2025-1-360.

4. Andersen V., Møller S., Jensen P. B. et al. Caesarean delivery and risk of chronic inflammatory diseases (inflammatory bowel disease, rheumatoid arthritis, coeliac disease, and diabetes mellitus): a population based registry study of 2,699,479 births in Denmark during 1973–2016. Clin Epidemiol. 2020;12:287–293. https://doi.org/10.2147/CLEP.S229056.

5. Zhong H., Wang X.G., Wang J. et al. Impact of probiotics supplement on the gut microbiota in neonates with antibiotic exposure: an open-label single-center randomized parallel controlled study. World J Pediatr. 2021;17(4):385–393. https://doi.org/10.1007/s12519-021-00443-y.

6. Das T.K., Pradhan S., Chakrabarti S. et al. Current status of probiotic and related health benefits. Applied Food Research. 2022;2(2):100185. https://doi.org/10.1016/j.afres.2022.100185.

7. Blanchetière A., Dolladille C., Goyer I., Join-Lambert O., Fazilleau L. State of the art of probiotic use in neonatal intensive care units in french-speaking european countries. Children. 2023;10(12):1889. https://doi.org/10.3390/children10121889.

8. Кара В.В., Грачев А.Н. Методы оценки микробиоты кишечника человека. Научное образование. 2023; 1(18):68–73. EDN: CKGPFV.

9. Jiao L., Kourkoumpetis T., Hutchinson D. et al. Spatial characteristics of colonic mucosa-associated gut microbiota in humans. Microb Ecol. 2022;83(3):811–821. https://doi.org/10.1007/s00248-021-01789-6.

10. Reygner J., Charrueau C., Delannoy J. et al. Freeze-dried fecal samples are biologically active after long-lasting storage and suited to fecal microbiota transplantation in a preclinical murine model of Clostridioides difficile infection. Gut Microbes. 2020;11(5):1405–1422. https://doi.org/10.1080/19490976.2020.1759489.

11. Tang Q., Jin G., Wang G. et al. Current sampling methods for gut microbiota: a call for more precise devices. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:151. https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.00151.

12. Neuberger-Castillo L., Hamot G., Marchese M. et al. Method validation for extraction of dna from human stool samples for downstream microbiome analysis. Biopreserv Biobank. 2020;18(2):102–116. https://doi.org/10.1089/bio.2019.0112.

13. Mordant A., Kleiner M. Evaluation of sample preservation and storage methods for metaproteomics analysis of intestinal microbiomes. Microbiol Spectr. 2021;9(3):e0187721. https://doi.org/10.1128/Spectrum.01877-21.

14. Williams G.M., Leary S.D., Ajami N.J. et al. Gut microbiome analysis by post: Evaluation of the optimal method to collect stool samples from infants within a national cohort study. PLo S One. 2019;14(6):e0216557. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0216557.

15. Lee S.M., Park K.H., Hong S. et al. Identification of cultivable bacteria in amniotic fluid using cervicovaginal fluid protein microarray in preterm premature rupture of membranes. Reprod Sci. 2020;27(4):1008–1017. https://doi.org/10.1007/s43032-020-00143-4.

16. Kennedy K.M., de Goffau M.C., Perez-Muñoz M.E. et al. Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies. Nature. 2023;613(7945):639–649. https://doi.org/10.1038/s41586-022-05546-8.

17. Sterpu I., Fransson E., Hugerth L. W. et al. No evidence for a placental microbiome in human pregnancies at term. Am J Obstet Gynecol. 2021;224(3):296.e1-296.e23. https://doi.org/10.1016/j.ajog.2020.08.103.

18. Stupak A., Kwiatek M., Gęca T. et al. A virome and proteomic analysis of placental microbiota in pregnancies with and without fetal growth restriction. Cells. 2024;13(21):1753. https://doi.org/10.3390/cells13211753.

19. He Q., Kwok L.Y., Xi X. et al. The meconium microbiota shares more features with the amniotic fluid microbiota than the maternal fecal and vaginal microbiota. Gut Microbes. 2020;12(1):1794266. https://doi.org/10.1080/19490976.2020.1794266.

20. Sajdel-Sulkowska E.M. The impact of maternal gut microbiota during pregnancy on fetal gut-brain axis development and life-long health outcomes. Microorganisms. 2023;11(9):2199. https://doi.org/10.3390/microorganisms11092199.

21. Laursen M.F., Bahl M.I., Licht T.R. Settlers of our inner surface — factors shaping the gut microbiota from birth to toddlerhood. FEMS Microbiol Rev. 2021;45(4):fuab001. https://doi.org/10.1093/femsre/fuab001.

22. Гончар Н.В., Бабаченко И.В., Гостев В.В., Ибрагимова О.М. Характеристика микробиоты кишечника детей первого года жизни поданным секвенирования гена 16S рибосомальной РНК. Журнал инфектологии. 2017;9(2):23–28. https://doi.org/10.22625/2072-6732-2017-9-2-23-28.

23. Каплина А.В., Азаров Д.В., Петрова Н.А. и др. Особенности микробиома кишечника при некротизирующим энтероколите у недоношенных новорожденных и доношенных новорожденных с врожденными пороками сердца по данным метагеномного секвенирования. Вопросы практической педиатрии. 2023;18(6):68–83. https://doi.org/10.20953/1817-7646-2023-6-68-83.

24. Graspeuntner S., Lupatsii M., van Zandbergen V. et al. Infants < 90 days of age with late-onset sepsis display disturbances of the microbiome-immunity interplay. Infection. 2025;53(3):921–934. https://doi.org/10.1007/s15010-024-02396-6.

25. Чистякова Г.Н., Ремизова И.И., Устюжанин А.В. и др. Экспрессия CD14+CD282+, CD14+CD284+, CD14+Н LA-DR+, CD14+CD11b+ рецепторов и уровень s Ig A, у недоношенных детей, с K. pneumoniae. Медицинская иммунология. 2024;26(5):983–992. https://doi.org/10.15789/1563-0625-EOC-16944.

26. Alcazar C.G., Paes V.M., Shao Y. et al. The association between early-life gut microbiota and childhood respiratory diseases: a systematic review. Lancet Microbe. 2022;3(11):e867–e880. https://doi.org/10.1016/S2666-5247(22)00184-7.

27. Gao Y., Nanan R., Macia L. et al. The maternal gut microbiome during pregnancy and offspring allergy and asthma. J Allergy Clin Immunol. 2021;148(3):669–678. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2021.07.011.

28. Yuan X., Wang R., Han B. et al. Functional and metabolic alterations of gut microbiota in children with new-onset type 1 diabetes. Nat Commun. 2022;26;13(1):6356. https://doi.org/10.1038/s41467-022-33656-4.

29. Qadri H., Shah A. H., Almilaibary A., Mir M.A. Microbiota, natural products, and human health: exploring interactions for therapeutic insights. Front Cell Infect Microbiol. 2024;14:1371312. https://doi.org/10.3389/fcimb.2024.1371312.

30. Jia Q., Yu X., Chang Y. et al. Dynamic Changes of the gut microbiota in preterm infants with different gestational age. Front Microbiol. 2022;13:923273. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.923273.

31. Chen Y., Lu Y., Wang T., Yu B. Changes in gut microbiota at 1-60 days in 92 preterm infants in a neonatal intensive care unit using 16S r RNA gene sequencing. Med Sci Monit. 2023;29:e941560. https://doi.org/10.12659/MSM.941560.

32. Chi C., Xue Y., Lv N. et al. Longitudinal gut bacterial colonization and its influencing factors of low birth weight infants during the first 3 months of life. Front Microbiol. 2019;10:1105. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01105.

33. Blakstad E.W., Korpela K., Lee S. et al. Enhanced nutrient supply and intestinal microbiota development in very low birth weight infants. Pediatr Res. 2019;86(3):323–332. https://doi.org/10.1038/s41390-019-0412-x.

34. Princisval L., Rebelo F., Williams B. L. et al. Association between the mode of delivery and infant gut microbiota composition up to 6 months of age: a systematic literature review considering the role of breastfeeding. Nutr Rev. 2021;80(1):113–127. https://doi.org/10.1093/nutrit/nuab008.

35. Chen Y.Y., Zhao X., Moeder W. et al. Impact of maternal intrapartum antibiotics, and caesarean section with and without labour on bifidobacterium and other infant gut microbiota. Microorganisms. 2021;9(9):1847. https://doi.org/10.3390/microorganisms9091847.

36. Inchingolo F., Inchingolo A., Palumbo I. et al. The impact of cesarean section delivery on intestinal microbiota: mechanisms, consequences, and perspectives — a systematic review. Int J Mol Sci. 2024;25: 1055. https://doi.org/10.3390/ijms25021055.

37. Li L., Wan W., Zhu C. Breastfeeding after a cesarean section: A literature review. Midwifery. 2021;103:103117. https://doi.org/10.1016/j.midw.2021.103117.

38. Mallick L.M., Shenassa E.D. Variation in breastfeeding initiation and duration by mode of childbirth: a prospective, population-based study. Breastfeed Med. 2024;19(4):262–274. https://doi.org/10.1089/bfm.2023.0180.

39. Chin N., Méndez-Lagares G., Taft D. H. et al. Transient effect of infant formula supplementation on the intestinal microbiota. Nutrients. 2021;13(3):807. https://doi.org/10.3390/nu13030807.

40. Beller L., Deboutte W., Falony G. et al. Successional stages in infant gut microbiota maturation. m Bio. 2021;12(6): e0185721. https://doi.org/10.1128/m Bio.01857-21.

41. Cuxart I., Coines J., Esquivias O. et al. Enzymatic hydrolysis of human milk oligosaccharides. the molecular mechanism of Bifidobacterium bifidum Lacto-N-biosidase. ACS Catal. 2022;12(8):4737–4743. https://doi.org/10.1021/acscatal.2c00309.

42. Kumar H., Collado M.C., Wopereis H. et al. The bifidogenic effect revisited-ecology and health perspectives of bifidobacterial colonization in early life. Microorganisms. 2020;8(12):1855. https://doi.org/10.3390/microorganisms8121855.

43. Kurata A., Yamasaki-Yashiki S., Imai T. et al. Enhancement of Ig A production by membrane vesicles derived from Bifidobacterium longum subsp. infantis. Biosci Biotechnol Biochem. 2022;87(1):119–128. https://doi.org/10.1093/bbb/zbac172.

44. Boudry G., Charton E., Le Huerou-Luron I. et al. The relationship between breast milk components and the infant gut microbiota. Front Nutr. 2021;8:629740. https://doi.org/10.3389/fnut.2021.629740.

45. Vélez-Ixta J.M., Juárez-Castelán C.J., Ramírez-Sánchez D. et al. Post natal microbial and metabolite transmission: the path from mother to infant. Nutrients. 2024;16(13):1990. https://doi.org/10.3390/nu16131990.

46. Notarbartolo V., Giuffrè M., Montante C. et al. Composition of human breast milk microbiota and its role in children’s health. Pediatr Gastroenterol Hepatol Nutr. 2022;25(3):194–210. https://doi.org/10.5223/pghn.2022.25.3.194.

47. Ingram K., Gregg C., Tegge A. et al. Metagenomic assessment of the bacterial breastfeeding microbiome in mature milk across lactation. Front Pediatr. 2024;11:1275436. https://doi.org/10.3389/fped.2023.1275436.

48. Komatsu Y., Kumakura D., Seto N. et al. Dynamic associations of milk components with the infant gut microbiome and fecal metabolites in a mother-infant model by microbiome, NMR metabolomic, and time-series clustering analyses. Front Nutr. 2022;8:813690. https://doi.org/10.3389/fnut.2021.813690.

49. Fabiano V., Indrio F., Verduci E. et al. Term infant formulas influencing gut microbiota: An overview. Nutrients. 2021;13(12):4200. https://doi.org/10.3390/nu13124200.

50. Morreale C., Giaroni C., Baj A. et al. Effects of perinatal antibiotic exposure and neonatal gut microbiota. Antibiotics (Basel). 2023;12(2):258. https://doi.org/10.3390/antibiotics12020258.

51. Argentini C., Mancabelli L., Alessandri G. et al. Exploring the ecological effects of naturally antibiotic-insensitive bifidobacteria in the recovery of the resilience of the gut microbiota during and after antibiotic treatment. Appl Environ Microbiol. 2022;88(12):e0052222. https://doi.org/10.1128/aem.00522-22.

52. Ozkul C., Ruiz V. E., Battaglia T. et al. A single early-in-life antibiotic course increases susceptibility to DSS-induced colitis. Genome Med. 2020;12(1):65. https://doi.org/10.1186/s13073-020-00764-z.

53. Mancabelli L., Mancino W., Lugli G.A. et al. Amoxicillin-clavulanic acid resistance in the genus bifidobacterium. Appl Environ Microbiol. 2021;87(7):e03137-20. https://doi.org/10.1128/AEM.03137-20.

54. Zimmermann P., Curtis N. Effect of intrapartum antibiotics on the intestinal microbiota of infants: a systematic review. Arch Dis Child Fetal Neonatal Ed. 2020;105(2):201–208. https://doi.org/10.1136/archdischild-2018-316659.

55. Qiu J., Wu S., Huang R. et al. Effects of antibiotic therapy on the early development of gut microbiota and butyrate-producers in early infants. Front Microbiol. 2025;15:1508217. https://doi.org/10.3389/fmicb.2024.1508217.

56. Ventin-Holmberg R., Saqib S., Korpela K. et al. The effect of antibiotics on the infant gut fungal microbiota. J Fungi (Basel). 2022;8(4):328. https://doi.org/10.3390/jof8040328. 57. Ташланова В.В., Катаева Л.В., Степанова Т.Ф. Видовая характеристика бактерий рода Lactobacillus, циркулирующих в различных локусах организма человека (обзор литературы). Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2023;100(4):364–375. https://doi.org/10.36233/0372-9311-332.

58. Davis E.C., Castagna V. P., Sela D.A. et al. Gut microbiome and breast-feeding: Implications for early immune development. J Allergy Clin Immunol. 2022;150(3):523–534. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2022.07.014.

59. Damaceno Q.S., Gallotti B., Reis I.M.M. et al. Isolation and identification of potential probiotic bacteria from human milk. Probiotics Antimicrob Proteins. 2023;15(3):491–501. https://doi.org/10.1007/s12602-021-09866-5.

60. Nguyen M., Holdbrooks H., Mishra P. et al. Impact of probiotic B. infantis EVC001 feeding in premature infants on the gut microbiome, nosocomially acquired antibiotic resistance, and enteric inflammation. Front Pediatr. 2021;9:618009. https://doi.org/10.3389/fped.2021.618009.

61. Гончар Н.В., Федорова М.С., Алехина Г.Г., Суворов А.Н. Опыт использования пробиотического штамма энтерококка в длительной нутриционной поддержке детей, родившихся недоношенными. Российский вестник перинатологии и педиатрии. 2021;66(6):115–120. https://doi.org/10.21508/1027-4065-2021-66-6-115-120. 62. Deshpande G.C., Rao S.C., Keil A D., Patole S.K. Evidence-based guidelines for use of probiotics in preterm neonates. BMC Med. 2011;9:92. https://doi.org/10.1186/1741-7015-9-92.

63. van Best N., Trepels-Kottek S., Savelkoul P. et al. Influence of probiotic supplementation on the developing microbiota in human preterm neonates. Gut Microbes. 2020;12(1):1–16. https://doi.org/10.1080/19490976.2020.1826747.

64. Samara J., Moossavi S., Alshaikh B. et al. Supplementation with a probiotic mixture accelerates gut microbiome maturation and reduces intestinal inflammation in extremely preterm infants. Cell Host Microbe. 2022;30(5):696–711.e5. https://doi.org/10.1016/j.chom.2022.04.005.

65. Underwood M.A., Umberger E., Patel R.M. Safety and efficacy of probiotic administration to preterm infants: ten common questions. Pediatr Res. 2020;88(Suppl 1):48–55. https://doi.org/10.1038/s41390-020-1080-6.

66. Guitor A.K., Yousuf E.I., Raphenya A.R. et al. Capturing the antibiotic resistome of preterm infants reveals new benefits of probiotic supplementation. Microbiome. 2022;10(1):136. https://doi.org/10.1186/s40168-022-01327-7.

67. Batta V.K., Rao S.C., Patole S.K. Bifidobacterium infantis as a probiotic in preterm infants: a systematic review and meta-analysis. Pediatr Res. 2023;94(6):1887–1905. https://doi.org/10.1038/s41390-023-02716-w.

68. Wang H., Meng X., Xing S. et al. Probiotics to prevent necrotizing enterocolitis and reduce mortality in neonates: A meta-analysis. Medicine (Baltimore). 2023;102(8):e32932. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000032932.

Как цитировать
Микробиота кишечника доношенныхи недоношенных новорожденных: рольв развитии инфекционных заболеванийи возможности коррекции (обзор литературы): ГАСТРОЭНТЕРОЛОГИЯ И ДИЕТОЛОГИЯ. (2026). Children’s Medicine of the North-West, 14(1), 21-38. https://doi.org/10.56871/
Выпуск
Том 14 № 1 (2026)
Раздел
Обзоры
Опубликован
2026-08-04

Как цитировать

Микробиота кишечника доношенныхи недоношенных новорожденных: рольв развитии инфекционных заболеванийи возможности коррекции (обзор литературы): ГАСТРОЭНТЕРОЛОГИЯ И ДИЕТОЛОГИЯ. (2026). Children’s Medicine of the North-West, 14(1), 21-38. https://doi.org/10.56871/